Dès 1643 J. de Laet critique la comparaison des langues par permutation de lettres, et lui oppose des listes de mots choisis (parties du corps, noms de nombre, de parenté, de lieux). De nombreux auteurs ont adopté cette dernière méthode (Schulze, Bayer, Coeurdoux, Monboddo, etc.). Les similitudes toutefois sont généralement expliquées par l'emprunt, et la méthode ne portera véritablement ses fruits que lorsque l'on adoptera le modèle généalogique.